依托云南農業大學建立的云南省生物大數據重點實驗室,幾年來以現代分子生物學技術為研究手段,選取云南特色生物資源為研究對象,進行全基因組測序,完成基因組相關分析,現已初步建立云南藥用植物基因組學可視化數據庫。
據悉,云南省生物大數據重點實驗室已完成多種云南特色藥用植物基因組解析,其中包括:鐵皮石斛基因組解析。在團隊的共同努力下,使鐵皮石斛成為*個采用*新的二代結合第三代單分子測序技術進行全基因組測序的復雜植物基因組。同時,也是云南省主導完成的*個植物基因組。瑪卡基因組解析。針對瑪卡基因組的研究為未來的十字花科植物的進化、瑪卡的遺傳育種、瑪卡產業市場的規范化奠定了堅實基礎。并在Cell出版社旗下的子刊《Molecular Plant》期刊上發表論文。丹參基因組解析。重點實驗室利用二代測序技術Illumina和三代單分子測序技術相結合,成功完成了高度雜合的丹參基因組組裝,并在國際學術期刊《Giga Science》上發表相關論文。辣木基因組解析。經過努力,團隊破譯了辣木3.16億對堿基排序,并發現一系列特有基因,為辣木的進一步應用研究奠定了基礎。三七基因組解析。為了獲得三七基因組信息,團隊成功繪制了三七參考基因組圖譜,三七基因組論文已發表在《Molecular Plant》期刊上。這項研究將成為三七分子育種繼EST測序和RNA-seq之后的又一重要成果。此外,云南農業大學生物大數據重點實驗室現已完成近百種中草藥轉錄組測序及解析,并與武漢植物園、華南植物園合作,進行了中草藥的采樣、轉錄組測序,已完成近百種核心藥用植物轉錄組的組裝、分析。
在以上工作的基礎上,云南農業大學生物大數據重點實驗室初步完成了云南藥用植物組學數據庫的建立。為有效地促進藥用植物資源整合,實現資源共享,重點實驗室還構建了中草藥組學數據,分為基因組(5-10個物種)、轉錄組(多于100個物種)、合成通路三個部分,實現百種中草藥數據的共享、利用,滿足有效成分合成生物學對關鍵合成酶的查找、定位功能,極大地促進了相關研究工作效率的提升,實現了數據縱向系統貫穿、橫向分享分析,達到了提高藥用植物研究交流水平和數據共享的目的。
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