納豆多肽的保健功能主要與其中的納豆激酶、納豆異黃酮、皂青素、維生素K2等多種功能因子有關。納豆中富含皂青素,能改善便秘,降低血脂,預防大腸癌、降低膽固醇、軟化血管、預防高血壓和動脈硬化,抑制艾滋病病毒等功能;納豆中含有游離的異黃酮類物質及多種對人體有益的酶類,如過氧化物歧化酶、過氧化氫酶、蛋白酶、淀粉酶、脂酶等,它們可清除體內致癌物質、提高記憶力、護肝美容、延緩衰老等有明顯效果,并可提高食物的消化率;攝入活納豆菌可以調節腸道菌群平衡,預防痢疾、腸炎和便秘,其效果在某些方面優于現在常用的乳酸菌微生態制劑;納豆發酵產生的粘性物質,被覆胃腸道粘膜表面上,因而可保護胃腸,飲酒時可緩解酒醉的作用。