冬瓜不長新根也與肥水管理有關，施用未腐熟的有機肥，會在分解放熱過程中造成燒根、燒苗；施用過多的化肥，容易使使土壤中的離子濃度增大，會使冬瓜細胞失水發生質壁分離，從而造成不長新根。 此外，冬瓜喜濕不大耐旱，需要吸收大量的水分。導致不少的農戶在灌溉時會一次性大量澆水，造成土壤質地黏重、土壤板結，使土壤通透性變差，影響冬瓜根系表面的氣體交換和吸收，削弱根系活力，阻礙根系對養分的吸收和利用，影響根系的正常生長，出現不長新根的現象。 對此，建議農戶在施基肥的時候，注意有機肥是否已經充分腐熟，施肥與定植間隔不能太近，減少使用化肥用量。在澆水時不能一次性過量澆水，要小水勤澆，每畝地灌溉3-5公斤益富源種植菌液，增加土壤通透性，提高土壤保水能力。 　　冬瓜根線蟲病也是冬瓜不長新根的原因之一，主要由根線蟲侵染所致，其在侵害的時候，會用口針刺穿冬瓜的根部，尤其是根系的幼嫩部位（須根和側根），刺壞根部細胞壁，并分泌出唾液，唾液進入根部組織后會產生化學作用，刺激根部不正常生長。根部會生長出許多形狀大小不一的瘤狀物根結，初期呈白色，后期會變成黑褐色，這些根結會使根系無法吸水吸肥，影響根系的正常生長，進而引致冬瓜不長新根。 　　防治冬瓜根線蟲的方法，主要有以下幾方面，農戶要綜合運用以期得到最佳的防治效果。1、選用無病土壤育苗，加強田間管理，及時清除病殘根。2、增施有機肥促進新根生長，增強植株抗病能力。3、種植前翻耕土壤、重發病田可進行水旱輪作。4、在冬瓜移栽前用利根砂顆粒劑溝施、穴施或全田撒施。如果冬瓜在生長期受線蟲危害，用利根砂水劑兌水灌根。